西安交通大学上海研究院于2006年5月在上海市浦东新区注册成立，由西安交通大学雷厉博士担任院长，研究院在西安交大党委、校委会、校产学研合作推进委员会的领导下，实行理事会领导下的院长负责制。

上海研究院作为西安交通大学校外研究院，立足上海的区位优势与西安交通大学的人才、成果优势，定位于打造上海浦东创新港。浦东创新港建设以开展国际合作、科学研究、技术开发和科技成果转化为落脚点，以创新性发展为经济建设和社会发展提供服务。根据自身的目标定位，研究院主要工作方向有节能环保及新能源发展研究、生命科学与医疗研究、智慧城市、智慧水利、金融研究等。

上海研究院以“战略性、前沿性、国际性、市场性、平台性”为发展目标，立足上海，辐射全国，面向未来，依托西安交大的教育、科研和人才优势，对外采取国际交流、行业联合、企业合作等形式，对内采取技术创新、管理创新、机制创新等手段，致力于从区域性研究院发展成为国内具有较高知名度及较强影响力的示范性校外研究院，为上海及长三角区域经济建设、为国家经济发展、社会进步贡献力量。